间充质干细胞在多种疾病的治疗中展现出了一定的效果，但因疾病类型、个体差异等因素而有所不同，以下是具体介绍：
1）心血管系统疾病
l 心肌梗死：能有效改善心脏功能，可减少心肌梗死面积，提高心脏射血分数。在一些研究中，接受间充质干细胞治疗的患者，心脏磁共振检查显示梗死区域有一定程度的心肌修复和血管再生，降低了心力衰竭的发生风险。
l 冠心病：可促进冠状动脉侧支循环形成，增加心肌血液灌注，改善心肌缺血症状，提高患者运动耐力。部分患者在治疗后，心绞痛发作频率降低，心电图显示心肌缺血情况有所改善。
2）免疫系统疾病
l 移植物抗宿主病：对急性和慢性移植物抗宿主病均有较好疗效，能显著减轻皮肤、肠道、肝脏等器官的炎症反应，提高患者生存率。在一些临床研究中，使用间充质干细胞治疗后，患者的移植物抗宿主病症状缓解率较高，且不良反应相对较少。
l 系统性红斑狼疮：能调节免疫系统，减轻炎症损伤，可使患者皮肤红斑、关节疼痛等症状得到缓解，降低自身抗体水平，改善肾脏等器官功能。部分患者经治疗后，系统性红斑狼疮疾病活动指数评分下降，生活质量得到提高。
l 器官移植排斥反应抑制：在器官移植中，间充质干细胞可抑制免疫细胞对移植器官的免疫攻击，降低急性和慢性排斥反应的发生风险，提高移植器官的存活率和患者的生存质量。
3）神经系统疾病
l 阿尔茨海默病：间充质干细胞能改善患者认知功能，可使轻度患者在记忆力、定向力等方面有一定程度的提升，在一些临床试验中，部分患者经治疗后简易精神状态检查表评分有所提高。但对于中重度患者，虽可延缓病情进展，却难以完全逆转症状。
l 帕金森病：可减轻患者运动症状，如震颤、肌强直等，能提高患者的运动能力和生活自理能力。部分接受治疗的患者在统一帕金森病评定量表评分上有一定程度的改善，但通常需要长期跟踪治疗以维持效果。
l 神经损伤修复：对于脊髓损伤、脑卒中等神经损伤疾病，间充质干细胞可分化为神经细胞、神经胶质细胞等，替代受损细胞，还能分泌神经营养因子，促进神经细胞的存活和再生，改善神经功能。
4）骨科疾病
l 骨关节炎：可有效缓解关节疼痛，改善关节功能，延缓关节退变进程。在一些临床试验中，接受间充质干细胞治疗的患者，关节疼痛视觉模拟评分降低，关节活动度增加，部分患者的关节软骨在影像学检查中有一定程度的修复表现。
l 股骨头坏死：能促进新骨生成，减轻患者疼痛，部分早期股骨头坏死患者经治疗后，股骨头坏死区域有骨密度增加的现象，可避免或延缓股骨头塌陷，提高髋关节功能。
5）代谢性疾病改善
l 糖尿病：间充质干细胞可分化为胰岛素分泌细胞，补充受损的胰岛 β 细胞，恢复胰岛素的分泌功能，还能改善胰岛素抵抗，降低血糖水平，对糖尿病及其并发症具有一定的治疗作用。
l 高脂血症：间充质干细胞能调节脂质代谢，降低血液中胆固醇、甘油三酯等脂质水平，改善血管内皮功能，预防和治疗高脂血症及其相关的心脑血管疾病。